Trestní sazby retribučního dekretu byly největší jeho slabinou, neboť retribuční dekret zná pouze sazbu od 5 let výše. Chybí v něm přesné vymezení pojmu zvláště přitěžujících okolností. Tento nedostatek měl za následek, že bylo použito různých trestních sazeb od 5 do 10 let nebo od 10 do 20 let, po případě na doživotí i na smrt při jinak naprosto stejných činech a stejně těžkém zavinění. Různost praxe byla zde způsobena také růzností použití analogie buď podle §§ 43 a 45 tr. z., nebo podle § 6 zákona na ochranu republiky č. 50/1923. Tím vznikaly strašné rozdíly v trestech za trestné činy stejného druhu. Chybí v něm přesné vymezení pojmu všeobecných okolností polehčujících a připuštění možnosti použití ustanovení §§ 46 a 47 tr. z. Nebyly vzácné případy, že skutková podstata zločinu podle retribučního dekretu byla sice prokázána, ale polehčující okolnosti, za nichž k trestnému činu došlo, zejména svedení, zanedbaná výchova, mladistvý věk do 20 let, nemohly být při výměře trestu hodnoceny a stanovený trest byl příliš přísný a vině neúměrný, takže některé lidové soudy raději se uchýlily k porušení zákona, když soudci z lidu přes právní poučení hlasovali pro výměr trestu pod nejnižší zákonnou sazbu, aniž zde byly podmínky pro použití § 16 retribučního dekretu. Předseda senátu byl zde přehlasován těmito lidovými soudci a nemohl vynést jiný trest než ten, na němž se usnesli soudci z lidu.

Podle ustanovení § 25, odst. 2 retribučního dekretu mohl veřejný žalobce navrhnout postoupení věci řádnému soudu k novému projednání, došlo-li k osvobození pachatele před lidovým soudem. Toto právo však nepříslušelo veřejnému žalobci v případě, kdy soudce při odsuzujícím rozsudku nižším trestem zřejmě porušil ustanovení § 16 retribučního dekretu. Ustanovení § 25, odst. 2 retribučního dekretu je však v rozporu se stěžejní zásadou světového práva trestního: ne bis in idem. Bylo-li lidovému soudu jednou svěřeno, aby s konečnou platností rozhodl o vině pachatele s vyloučením opravných prostředků, pak nutno hájiti zásadu, že rozsudek tohoto soudu jest konečný i v tom případě, byl-li pachatel viny zproštěn. Nemělo být dovoleno veřejnému žalobci, aby dal jiným řádným soudem přezkoumat tento zprošťující výrok soudců z lidu, zejména když nebyla připuštěna možnost domáhat se nápravy tam, kde byl neprávem vynesen výrok odsuzující.

Je nepochybně velkou nesrovnalostí, když způsobení ztráty svobody většího počtu obyvatel trestá se těžkým žalářem od 20 let na doživotí a za okolností zvláště přitěžujících smrtí podle § 7, odst. 1, kdežto udání, které mělo za následek ztrátu svobody většího počtu obyvatel, je trestné pouze doživotním žalářem podle § 11, ačkoliv udavačství je zajisté činem více zavrženíhodným a po subjektivní stránce více odpovídajícím §u 1 trest. zákona, než zavinění nebo způsobení ztráty svobody.

Nerovnoměrnost trestních sazeb vyplývá ze srovnání ustanovení § 5, odst. 2, lit. a) retribučního dekretu, podle něhož je trestný pachatel, který vyhrožoval udáním německým úřadům, trestem těžkého žaláře od 10 do 20 let, s ustanovením § 11 retribučního dekretu, podle něhož pachatel, který někoho u německých úřadů skutečně udal, takže jeho udání bylo skutečně provedeno, ale zůstalo náhodou pro udaného bez následků, je trestný těžkým žalářem pouze od 5 do 10 let.

Nedostatek retribučního dekretu spočívá v tom, že měří stejně Čechům jako Němcům, ačkoliv tito byli hlavními vinníky a Češi, v převážné většině svedeni okupačními poměry, pouze vinníky rázu druhotného. Bylo by v zájmu lidské spravedlnosti, aby bylo pamatováno na tyto zbloudilé Čechy alespoň jinou, menší trestní sazbou, zejména s ohledem na nevinně trpící rodinné příslušníky a děti provinivších se českých otců a českých matek.

Nespravedlivost trestů je zvyšována zejména odsunem Němců, jichž téměř ¹/₃ prakticky ušla trestu, takže v pohraničí nastal úplný zvrat v retribučním soudnictví. Tímto odsunem byl způsoben stav, že nyní odpykává své tresty jen menší část odsouzených Němců, zato však všichni odsouzenci české národnosti a oni Němci, kteří žijí ve smíšeném manželství s osobami české národnosti a pro tuto okolnost jsou z odsunu zásadně vyloučeni. Jestliže si uvědomíme, že v mnohých takovýchto případech byl Němec, žijící s Češkou s dětmi ve smíšeném manželství, odsouzen mnohdy jen pro pouhé matrikové členství v některých německých organisacích, aniž se třeba vůbec činně účastnil nějaké spolkové činnosti a aniž byly vyvráceny notoricky známé pochybnosti o dobrovolnosti vstupu do těchto organisací, nemůžeme se ubránit dojmu, že tímto výkonem lidového soudnictví nebyl splněn předpokládaný účel retribučního dekretu, zejména když vezmeme v úvahu, že bezvýznamní místní činovníci strany NSDAP nebo SdP a různí blokleitři odpykávají si mnohaleté těžké žaláře, zatím co vyšší a významnější činovníci a hodnostáři nacistického hnutí byli odsunuti třeba krátce před hlavním přelíčením nebo jinak jim bylo umožněno odejít do říše.

Ze špatného provádění retribučního dekretu vyplývala nejzávažnější nesnáz v tom, že špatným výkladem ustanovení § 21 retribučního dekretu byl mu dáván jiný smysl, než ve skutečnosti měl. Účelem tohoto ustanovení bylo, aby před mimořádnými lidovými soudy byly projednány pouze případy jasné a nepochybné, zatím co případy pochybné a komplikované měly býti odkázány na příslušnost řádných soudů. Počáteční správná praxe lidových soudů byla ke škodě věci politickým tlakem změněna a nesprávným výnosem ministerstva spravedlnosti byl dán tomuto ustanovení obrácený smysl, když mimořádné lidové soudy byly zaplaveny případy pochybnými a komplikovanými tak, že lidoví přísedící se vůbec nevyznali ve spletitosti skutkového materiálu, jak bylo často patrno z jejich otázek. Soudci z lidu nenesou však vinu na tom, že si ve spletitějších a obšírnějších případech nemohli náležitě ujasniti pravý stav věci po stránce skutkové, když jim nebyla dána možnost důkladného prostudování spisů, kterou měli soudcové z povolání a úřady veřejné žaloby.

Další nesnáz pramenila z neinformovanosti přísedících v otázkách právních, jež byla tím horší, oč větší byla vyhraněnost a neústupnost názoru politického, jež hraničila leckde s tvrdohlavostí a umíněností. Naproti tomu byli však mnozí, kteří přes uměle vyvolávanou náladu stranicky zaměřeného tisku otevřeně přiznali, že bude proti nim sočeno a spíláno v jejich organisacích a od jejich známých, ale přes tento strach z teroru dali průchod právu a spravedlnosti, když hlasovali proti tomuto uměle vyvolávanému veřejnému mínění, jsouce si vědomi odpovědnosti před svým svědomím. Touto rozvahou vynikali zejména přísedící starší a bývalí političtí vězňové, kteří nejlépe poznali, že daleko horší než všechny fysické útrapy je pocit nespravedlnosti.

Účast soudců z lidu v trestním soudnictví, i když se v celku osvědčila u lidových soudů jako instituce zcela mimořádná a za mimořádných poměrů, přinesla velmi cenné zkušenosti pro posouzení snah, které by rády z této mimořádné instituce laického soudnictví vytvořily instituci trvalou. Řízení s laickými soudci se objevilo jako velmi těžkopádné. Přelíčení a porada s přísedícími trvaly pro jejich nedostatek právnického vzdělání a pro neznalost spisů mnohem déle, než u senátu složeného ze soudců z povolání. Odborné znalosti jejich z různých oborů povolání neměly význam nebo měly jen význam nepatrný. Všichni soudci z lidu se netajili názorem, že úkol soudce je velmi těžký a zodpovědný a vyžaduje předchozí odborné přípravy a náležitého průkazu způsobilosti, má-li býti spravedlnost vážena skutečně spravedlivě. Proto jsouce si vědomi svých nedostatků nestáli o to, aby byli stále jako přísedící povoláváni a vyjadřovali své uspokojení nad tím, že lidové soudy již končí svou činnost a oni už nebudou nuceni rozhodovat o osudu svých spoluobčanů. Z těchto zkušeností se podává závěr, že zavedení instituce soudců z lidu do pravidelných trestních senátů je naprosto nežádoucí.

Nedostatečně nebo špatně vyšetřený materiál byl pak jednou z největších potíží lidového soudnictví. Skutkový materiál, který měl býti podkladem rozhodnutí soudu, byl často vyšetřen neúplně nebo docela vadně, takže obsah protokolů sepsaných vyšetřujícími orgány nebyl vůbec spolehlivý, a to buď pro zaujatost vyslýchajících orgánů, které mnohdy nedostatek odborné způsobilosti maskovaly stranickou horlivostí, nebo pro zaujatost vyslýchaných osob, které často posvátnost svědecké funkce nahradily mstou a nenávistí. Vyšetřování bylo častokrát špatně chápáno jako pouhé snášení materiálu nepříznivého pro obviněného, zatím co jeho obhajoba byla zcela pominuta. Horlivost a nepochopení vyšetřovací povinnosti šlo i tak daleko, že obviněnému bylo vůbec odepřeno, aby mohl uvésti něco na svou obhajobu a nabídnouti důkazy. Nebyly vzácné případy, že při hlavním přelíčení vyšlo najevo, že doznání obviněného v protokolech vyšetřovací komise uvedené bylo vynuceno týráním a že svědecké protokoly nejsou ve shodě s tím, co svědkové skutečně vypověděli.

Tento pochybený způsob vyšetřování spoluzavinil přetíženost soudů a měl za následek, že právě při nejtěžších procesech, k nimž došlo v důsledku pozdního předložení spisů až v poslední chvíli, bylo nutno teprve při projednávání procesu pracně shledávati materiál a doplňovati špatně provedené šetření. Tyto trapné skutečnosti nemohly naší justici stavět do příznivého světla ani v očích našich přátel. (Předsednictví převzal místopředseda Komzala.)

Neposloužil spravedlnosti projev posl. Zápotockého, který začátkem roku 1946 v tomto slavném Národním shromáždění ostře vytýkal, že z vyřízených retribučních případů veliký počet byl vyřízen zastavením, takže místo lidu zde rozhodli veřejní žalobci jako úředníci. Aby se veřejní žalobci mohli podobným nespravedlivým útokům veřejnosti vyhnouti, netajili se tím, že raději žalovali i případy, které jinak by byli nuceni zastaviti sami nebo jež mohli postoupiti okresním národním výborům k dalšímu řízení podle malého retribučního dekretu č. 138/1945 Sb. Nebylo potom divu, že se v posledních měsících stávalo, že převážná většina takových žalob skončila osvobozujícím rozsudkem a že přísedící sami odsuzovali tento postup poukazem na zbytečné výlohy státu a na ztrátu času všech osob na takovýchto zbytečných přelíčení zúčastněných. Jindy zase celodenní neúspěch lidových přísedících měl za následek, že z rozmrzelosti nad řadou osvobozujících rozsudků nakonec nespravedlivě odsoudili jednoho Čecha za to, že nosil v roce 1938 a na začátku okupace světlé punčochy a jakýsi neurčitý a blíže nezjištěný odznak, podle § 3, odst. 1 retribučního dekretu k žaláři v trvání 2 let.

Dekret presidenta republiky ze dne 19. června 1945, č. 17 Sb., ve znění zákona z 18. prosince 1946, č. 245 Sb., o Národním soudu byl účasten všech vad retribučního dekretu č. 16/1945 Sb., jehož hmotná ustanovení platila pro Národní soud. Otázka příslušnosti Národního soudu svěřena k odpovědi národnímu prokurátoru, který ve smyslu § 7, odst. 3 v rámci směrnic, vytčených v § 2, rozhodoval závazně o tom, kdo měl býti postaven před Národní soud.

Činnost národní prokuratury u Národního soudu byla velmi svízelná, neboť šlo o zpracování obrovského důkazního materiálu v kratičké lhůtě několika týdnů vzhledem k tomu, že Národní soud byl konstituován teprve 12. prosince 1945, kdy přísedící byli vzati do slibu. Práce jeho byla ztížena tím, že vyšetřování závadné činnosti politických činitelů v době okupace bylo svěřeno ministerstvu vnitra, které teprve koncem roku 1945 předložilo první výsledky svého šetření a hlavní spisový materiál předložilo teprve začátkem roku 1947. Předložený spisový materiál byl však shledán jako vadný a neúplný, neboť neobsahoval vůbec obhajobu obviněných a nepřihlížel vůbec k subjektivní stránce vyšetřovaných trestných činů, ačkoli podle § 3 trestního řádu platí: Všichni úřadové, v řízení trestním činní, mají se stejnou péčí přihlížeti k okolnostem k usvědčení obviněného a k jeho obraně příhodným a jsou povinni obviněného o jeho právech poučiti, i kde to není výslovně předepsáno.

Nedbání této stěžejní zásady obhajoby obviněného je s hlediska kriminelního kardinálním pochybením vyšetřujících orgánů a veřejní žalobci jako objektivní strážci zákona, nechtěli-li se zpronevěřit této stěžejní zásadě světového práva trestního, musili souhlasit s doplněním řízení. Tímto jednostranným způsobem vyšetřování ministerstva vnitra bylo pak zaviněno zbytečné a nepřiměřené prodlužování procesů, neboť obhajoba mohla teprve při přelíčení přednést své vývodní návrhy na výslech svědků a na různá jiná šetření, jichž provedení bylo nezbytné pro spravedlivé posouzení viny obviněných.

Šetření provedená před podáním obžaloby nemohla vždy být spolehlivým vodítkem pro hlavní přelíčení, poněvadž místo svědeckých výpovědí často šlo jen o svědecké úsudky a závěry, nepodložené skutečností a založené na chybných dohadech, jak bylo zjištěno pravidelně při hlavním přelíčení opakováním těchto důkazů nebo konfrontací se svědky, slyšenými pod sankcí svědecké výpovědi. Převážná většina svědků změnila původní svědecké výpovědi, složené před vyšetřujícími orgány, právě pod tlakem sankce svědecké výpovědi soudní, jsouc si dobře vědoma, že výpověď před jinými vyšetřujícími orgány učiněná nepodléhá této sankci a že křivou výpověď před těmito vyšetřujícími orgány nelze s úspěchem stíhati soudně. Proto postavení obžalovaného bylo tím příznivější, čím méně soud spoléhal na správnost původních výpovědí, složených před vyšetřujícími orgány, a čím více důkazních prostředků provedl sám.

Pocit spravedlnosti je dán jednotností judikatury soudního orgánu. Tomuto požadavku však Národní soud neučinil zadost, neboť jeho judikatura není jednotná. V roce 1946 odsoudil Národní soud několik protektorátních činitelů v čele s dr Krejčím pro určité veřejné projevy podle § 4 retribučního dekretu, zatím co v r. 1947 pro obdobné veřejné projevy osvobodil činovníky NOÚZ podle téhož ustanovení. V roce 1946 odsoudil Národní soud inž. Vamberského pro účast na cestě do Mnichova v dubnu 1945, zatím co v r. 1947 z obžaloby pro tentýž trestný čin osvobodil generála Klecandu a ministra Bienerta. Za události sběhnuvší se kolem 15. března 1939 byl odsouzen dr Krejčí, zatím co byl osvobozen Beran.

Příčina této nerovnoměrnosti ve výsledcích činnosti Národního soudu tkví v několika důvodech. Přirozenost lidská je nakloněna s odstupem času zapomínat na zlo a odpouštět a proto pozdější rozsudky jsou mírnější. Tato přirozenost lidská se projevila zejména u laického živlu přísedících. Naproti tomu soudcové z povolání jako právníci jsou zvyklí postupovat vždy přísně podle vyhlášených zákonů, mají však snahu postihnout po stránce subjektivní viny pouze ony výsledky trestného činu, jichž pachatel úmyslně nebo vědomě dosáhl, a nečiní pachatele odpovědným za ty výsledky, které bez jeho přičinění a předvídání z jeho skutku vzejdou. Konečně třetí skupina - politiků - se nestará o nějaké příčinné vztahy mezi trestnou činností a výsledkem; má před očima pouze těžké ztráty státu a činí za ně odpovědným pouze dotčeného představitele předcházejícího režimu. Má-li však jíti o výkon práva soudem a ne politickým tribunálem, nutno dáti přednost nazírání právnickému před nazíráním politickým. V zájmu spravedlnosti je postarati se o nápravu dosud nejednotné judikatury a zajistiti objektivní výkon spravedlnosti.

Obecně pociťovaná nejednotnost judikatury celého retribučního soudnictví byla bezprostředním důsledkem vyloučení opravných prostředků. Jde o zásadní pochybení, jež nelze odůvodniti obdobou se stannými soudy. Zásadou stanného práva je souditi činy čerstvě spáchané, při nichž byl pachatel dopaden, nebo z nichž může býti snadno usvědčen, takže rozsudek stanného soudu je zpravidla správný a opravný prostředek je zbytečný. Hlavním motivem je zde zastrašení před pácháním trestných činů okamžitým účinkem trestu. Tyto motivy nejsou dány u retribucí, kde nejde o čerstvě spáchané činy, ani o činy, při nichž pachatel byl přistižen, ale o činy spáchané před lety a často tajně a tak rafinovaně, že právě pro tento veliký odstup časový se velmi těžce zjišťují. Je proto velká pravděpodobnost, že tyto retribuční rozsudky nebudou vždy správné a že již pouhá přípustnost opravných prostředků by měla za následek výroky, které by se více přiblížily ideálu spravedlnosti.